C. margaritiferus có phạm vi phân bố nhỏ hẹp ở vùng biển Tây Thái Bình Dương. Chúng chỉ được tìm thấy tại khắp các đảo của Philippines và tại New Caledonia, kể cả quần đảo Chesterfield. Vào năm 2015, nhiều cá thể của loài này được thu thập gần đảo Okinawa, miền nam Nhật Bản. C. margaritiferus sống xung quanh các rạn san hô ở độ sâu tương đối lớn, khoảng 70 m. Chính vì sống ở vùng nước sâu mà C. margaritiferus ít được biết đến và hiếm khi được nhìn thấy[1][2].